Bezüglich des Problems: Unseriöse Webseiten, die das Programm mit Adware u.ä. zusammen als Download anbieten.
Soweit ich weiß, lösen einige Projekte, wie z.B. Mozilla, das so, dass sie zwar das Programm an sich als Freie Software herausgeben, aber sich dafür den Namen (z.B. Firefox) schützen lassen. So kann zwar jeder den Source Code des Firefox frei verwenden, verändern und verbreiten, darf das Ergebnis aber nur unter bestimmten (Lizenz-)Bedingungen Firefox nennen. Deswegen gab es auch jahrelang diesen
Namensstreit zwischen Debian und Mozilla.
Soweit mein Halbwissen.