Das geht schon. Da gibt es z.B. die Tools adminsvndump und adminsvnload, und Du kannst mit adminsvnfilter die revisionen beim restore rauslassen, die Du nicht mehr in der Historie haben magst.
Die Offizielle Doku gibt da nähere Infos:
http://subversion.apache.org/faq.html#removal
Aber: Das würde ich nur mit sehr, sehr, sehr großer Vorsicht machen, denn Du kannst Dein Repo damit ziemlich zuverlässig komplett zerstören.
Also: Vorher den Prozess mehrfach auf einer 1:1 Kopie des Repos testen, und dann am besten ein Batch- oder Shellscript erstellen dass a) ein Backup macht, und dann zum gewünschten Zustand führt, und nie manuell mit ungetesteten Commands am Repo rumpfuschen.