Die
VCL sucht sich inzwischen standardmäßig den PopupParent automatisch raus und das ist das aktuell aktive/fokusierte Fenster, bevor dein neues Fenster angezeigt wird.
Und der PopupParent ist das Fenster, bei dem man immer darüber liegt.
PS: Das Selbe passiert auch bei Dialogen.
siehe
TForm.PopupMode und
TForm.PopupParent