Nachrichten, die an deine Anwendung (heißt, an deren Hauptfenster) geschickt werden, kannst du nur im Hauptthread bearbeiten.
Wenn es darum geht, selbstdefinierte Nachrichten zwischen zwei Applikationen auszutauschen, kann man das durchaus mit einem Thread machen. Allerdings muss man dann die Nachrichten per "PostThreadMessage" versenden, SendMessage und PostMessage gehen nicht.

P.S.: Was deine Frage zum Aufruf der Methoden eines TThread-Objekts betrifft, hast du Recht: Aufrufe dieser Methoden laufen immer im Kontext des aufrufenden Threads.