Diese Thread-Sachen ist schwieriger zu programmieren. Ich hab 20 Jahre kaum Threads gebraucht. Für diese Dinge sehe ich die Threads nicht.
Wenn du den BITS verwendest, dann blockiert deine Anwendung nicht. Threads nutzt man zu parallelisieren von Aufgaben oder um sie im Hintergrund zu machen (ohne das die Anwendung blockiert).
Mit Threads heißt das Gedanken machen über Synchronisierung, Deadlocks usw.
Tipp: Lass die Finger von.
Da du eh ein Setup brauchst für die Erstinstallation, dann brauchst du auch für jede nachfolgende Version deiner Software ein ganzes Setup.
Tipp: Finger weg von einzelnen Datei Aktualisierungen
Erzeuge
MSI Dateien, wenn du wirklich ein Patch liefern willst, z.B. für kleinere Downloads - erzeuge eine MSP.
Tipp: WIX-Toolset
http://wixtoolset.org/
Ich hab hier noch die Folien, allerdings sind da nur Stichwort drauf - ohne Moderation wenig benutzbar.