Die alte Signatur nach SHA1 wird nicht mehr als Sicher angesehen.
Dies ist nur nötig, wenn die Anwendung noch unter XP laufen muss und dort als sicher angesehen werden soll.
Ab Vista ist die (zusätzliche) Signierung nach SHA256 nötig:
"signtool.exe" sign /q /as /fd
SHA256 /f ...
http://sha256timestamp.ws.symantec.c.../timestamp/tsa ...