Ich kann mir gerade auch nicht vorstellen, wie das bei binären Dateien korrekt funktionieren soll.
Angenommen original gibt es die Bytes A B C und D. Nun kommt zwischen A und B 1 und 2, zwischen C und D 3 und nach D 4. Das kann doch nur schiefgehen.
Das geht schon.
Nur wäre es nicht schlecht auch die Original-Daten mit im Patch zu speichern, um vorher zu vergleichen, ob die zu patchende Datei auch stimmt, denn sonst kommt definitiv Mist bei raus.
Eventuell auch noch einen Datei-Hash von vorher und nachher, um das Ergebnis zu prüfen.
Ob binär oder Text ist letztendlich egal ... sind alles nur Bytes.