Meins Server-Programm läuft auf dem Terminal-Server, ist schon klar.
Eigentlich sollte das eigene Server-Programm auf einem dafür bereitgestellten eigenen Server und nicht auf dem Terminal-Server installiert werden. Der Terminalserver soll nur die virtuellen Clients bereitstellen. In den virtuellen Clients läuft dann jeweils eine Instanz der Client-Applikation, die dann
TCP/
IP Verbindungen zum Server aufbauen. Port-Konflikte oder Probleme durch mehrfache Instanzen sind dann nicht zu erwarten, es sei denn, die Client öffnen selber Ports. Das geht nur, wenn alle Clients auf dem Terminalserver unterschiedliche Ports verwenden.