Kann es sein, daß das Problem nur dann auftritt, wenn bei den Compiler-Optionen das "Mit Debug-DCUs" aktiviert ist? In dem Fall werden die Debug-
DCU Pfade womöglich vor die Projekt-Suchpfade gestellt.
Ich habe mal bei StackOverflow etwas zu dem Thema geschrieben. Ist zwar schon eine Weile her, aber ist womöglich immer noch relevant:
Managing very large codebases in Delphi using a Library of Debug and Regular DCUs I built myself
Es ist allerdings auch so, daß nicht die Delphi Source-Pfade (z.B.
rtl\win) im Suchpfad stehen, sondern nur das der Plattform entsprechende lib-Verzeichnis - zumindest in einer Standard-Installation ist das so.