Die Originalstrings werden bereits gespeichert und etwaige Duplikate schon behandelt.
Die einfachste Umsetzung wäre es das Verzeichnis in den jeweiligen MD5 Hash umzubenennen. Die Benutzerfreundlichkeit sinkt dann aber, weil ein Benutzer nicht mehr auf Anhieb sieht, welches Verzeichnis zu welchem Datensatz gehört.
Mal eine Bemerkung dazu, die vielleicht etwas off -topic ist. Für einen Benutzer ist das Ablegen von Datensätzen in Dateien mit langen Namen ein usability-Alptraum, egal ob Du nun noch eine ID anhängst oder nicht. Hast Du mal versucht, in einem Verzeichnis mit mehreren Hundert Dateien mit langen Namen etwas zu finden? Das geht eigentlich (im Explorer) nur mit der Suchfunktion, alles andere ist eine Strafe, besonders, wenn die Namen auch noch so lang sind, dass sie im Explorerfenster abgeschnitten werden.
Häng die ID an, das macht es auch nicht viel schlimmer als es eh schon ist.