Ja, das wäre möglich: Im Gegensatz zu Executables kann man DLLs, die in Benutzung sind, verschieben / umbenennen.
Das Umbenennen geht auch bei Anwendungen, ich weiß nicht ab welcher Version von Windows, aber ich glaube ab Windows NT/2000 schon.
Die einfachste Variante ist aber die Anwendung schlicht lokal in das temporäre Verzeichnis (oder in die Anwendungsdaten) zu kopieren, dann von dort zu starten und die Anwendung auf dem Netzlaufwerk wieder zu beenden, wenn es um eine definierte Zielkonstellation geht. Dann kann man die Anwendung auf dem Netzlaufwerk bzw. dem RDP-Server jederzeit austauschen.