Warum soll das erst sortiert werden? Da ja am Ende die Daten sowieso in das Flash geschrieben werden sollen, kannst Du auch direkt eine Kopie der Flashdaten im
RAM anlegen. Du reservierst die 64 Kilobyte und kopierst dann die Daten direkt nachdem du zwei Hexziffern zu einem Byte konvertiert hast an die richtige Stelle in das 64 Kilobyte-Array. Die Adresse wo das hin muss hast Du ja. Danach kannst Du das komplette Byte-Array, so wie es ist in den Flash-Speicher kopieren.