Ich habe mir die Breakpoints und Bookmarks über Projektgruppen hinweg mal angesehen:
https://youtu.be/v1yiqkkP3kw
Ich halte das Problem für systembedingt in Delphi und sehe da keine Lösung.
Aus meiner Sicht ist ein paralleles Arbeiten und Debuggen von Units in mehreren Projekten sicherlich auch eine seltene Ausnahme.
Wenn ich etwas falsch verstanden oder getestet habe, dann gebt bescheid...