Vielleicht einfach als "Portable App" bezeichnen (it's a feature, stupid!) und Installation nach Program Files nicht erlauben, da Windows dann motzt. Vorgabe sollte c:\PortableApps\DeinProgramm sein. Ansonsten braucht man dann nichts zu ändern und alle sind glücklich.
(OK, ist schon zu spät, ist mir auch gerade aufgefallen. Dann bleibt mir nur noch zu sagen: "Armer schwarzer Kater"
)