UPX wird eigentlich bei allen aktuelleren Scannern supported. Ist deine Version vom scanner vielleicht stark veraltet?
Wenn du es unbedingt exe-komprimiert haben möchtest, mit
mpress habe ich gute Erfahrung vs scanner gemacht aber ob das dein scanner schluckt musst du alleine herausfinden.
(ich nutze kaspersky aufm pc und totalvirus.com)