Das passiert sehr häufig, dass die
IDE diese Teile einfach aus der .dproj entfernt. Leider ohne erkennbaren Grund, oder auch bei Frames die jahrelang nicht angefasst wurden. Ich bin da nie hintergekommen. Nachdem ich im Formulardesigner unterwegs war verbringe ich locker ein Drittel der Zeit damit, die von der
IDE kaputtgemachten oder fehlerhaft eingefügten Dinge wieder grade zu rücken.
Zumindest ist das in 10.0 Seattle noch so, evtl. ist das ja mittlerweile behoben.