Im Moment nicht, da ich am Tablet schreibe. Aber RegisterWindowMessage nimmt als Parameter einen PChar auf einen möglichst eindeutigen String entgegen und gibt eine systemweit eindeutige Message-ID zurück. Das eignet sich meiner Meinung nach prima für Dein Anliegen.
eine Message muss man nicht extra registrieren wenn man über beide Quellen verfügt.
Lege dir einfach eine Message an die du in beiden Anwendungen definierst.