So nun funktioniert es aber ich weiß nicht warum. Im InnoSetup unter Tools/Configure Sign Tool folgenden String eingegeben:
SignTool.exe sign /f D:\IQ-Inst\NatuPrax_11\Installation\certificate.pfx /t
http://timestamp.digicert.com /p meinPassword /fd SHA256 $p
Danke an die Diskussionsrunde.