Wenn ich dies z.B. dann auf mein "links" Layout einstelle startet die
IDE so. Sobald ich dann aber ein Projekt öffne wechselt die
IDE auf das Standard Layout.
Die
IDE arbeitet mit den drei Layout-Typen Start, Standard und Debug. Welches Layout im jeweiligen Fall geladen wird kann man einstellen. Willst du also nach dem Öffnen eines Projekts das "links" Layout, dann trag das eben (auch) dort ein. Das ist aber immer projekt-übergreifend. Deswegen gibt es auch nur ein Debug-Layout.
Wenn du ein anderes Verhalten möchtest, solltest du dafür einen Feature-Request anlegen.