Gib mal den gesamten Code vom Thread und vom Befüllen des StringGrids.

Die lange Zeit für das Befüllen kann auch daher kommen, dass du das StringGrid nicht mit BeginUpdate/EndUpdate auf eine Menge Daten vorbereitest.
Für dieses Befüllen würde ich mit Queue statt mit Synchronize arbeiten (warum soll der Thread warten, bis die Daten im StringGrid angekommen sind)

Warum wartest du überhaupt mit WaitFor auf den Thread?
MyThread.FreeOnTerminate := True und der entfernt sich selber aus dem Speicher.
Die ThreadVariable MyThread kannst beim Event OnTerminate auf nil setzen und gut.
Oder du führst ein eigenen Event ein OnDestroy und setzt dabei MyThread auf nil.

Application.ProcessMessages in einem Thread aufzurufen ist absolut tabu!