Dateikopie ohne Rechte im Zielverzeichnis?

[Sir Rufo]

Deine Frage ist doch nach einem Transport Protokoll. Wie kommst du jetzt auf einen Server?

Sollen die Dateien lokal oder zentral abgelegt werden?

Soweit erstmal egal, denn um einen Dienst kommst du nicht herum (und schlimm ist das auch nicht).
Der Dienst läuft mit den Rechten, die zum Lesen und Schreiben der Dateien notwendig sind.
Mit dem Transport Protokoll (z.B. FTP = File Transport Protokoll) werden die Daten an den Dienst geliefert, abgerufen oder sogar gelöscht.
Dort wird jetzt entschieden, ob und wie diese Daten gespeichert werden, bzw. welche Datei zurückgeliefert wird bzw. wie die Löschung ausgeführt wird.

Einen Client für FTP zu schreiben ist auch kein Geheimnis und dafür sollten sich auch zig Beispiele finden.

Welches Protokoll du auch verwendest (FTP, WebDAV, HTTP, ein eigenes) die Funktionsweise nach dem Protokoll bleibt gleich. FTP lässt sich hierfür aber am einfachsten benutzen, da es genau dafür (Übertragung von Dateien) gedacht ist. Ob es das Beste in dieser Situation ist, musst du allerdings selber entscheiden.