Beim Beenden des Programms und Auswertung der Speicherlecks, müssten die Threads noch laufen und daher ist auch noch deren Speicher reserviert.
Erst nach Beenden/Freigeben/Entladen aller Delphi-Units und danach, beim Beenden des Prozesses, werden auch die restlichen Threads von Windows abgeschossen.

Aber im grunde stimme ich dem zu: selber die Threads beenden und sich danach das Programm beenden lassen.