CPU Nutzung < 10 %
RAM Nutzung < 10 %
HDD ~ 40 % der Zeit mit 100 % lt. performance Analysis tool

Erst Zustimmung an Lemmy.
Bei den Angaben die Du insgesamt gemacht hast, finde ich nicht, wieviel Benutzer im Spiel sind.

Ansonsten:
Datenbanken warten (fast) immer auf die Festplatten. Deine Zahlen sind also nicht ungewöhnlich.
Was mich irritiert, alles was Last machen könnte (Berechnung) findet auf dem Client statt. Was quält also
die Festplatten so?

50 Mio ist nicht wenig, aber mit einem RAID 0 verdoppelst Du "nur" die Geschwindigkeit.
Also IO wäre dann nur noch 20% der Zeit auf 100% Last, richtig?

Nichts gegen RAID 0, man könnte das sicher noch mit SSD toppen.
In der Optimierung der Zugriffe softwareseitig liegt meist aber der Schlüssel für eine viel größere Optimierung. Hier spräche man dann nicht von Verdoppelung, sondern von 2 oder 3 stelligen Faktoren.
Diese Zahl ist konkret hier natürlich vollkommen aus der Luft gegriffen, eher ein Erfahrungswert. Manchmal reicht ein Index mehr, manchmal auch einer weniger,.., es ist jedesmal anders.

Eine Optimierung des Clients kann man mit einer Pipeline hinbekommen die grob wie folgt aussieht:

1. Daten lesen (1 Thread)
2. Daten berechnen (CPU-Count Threads)
3. Daten schreiben (1 Thread)

Dadurch fallen die Wartezeiten beim Lesen/Schreiben nicht mehr ins Gewicht.