Ich hab zwar nur mit
HTML und JavaScript auf PocketPC erfahrungen, aber ich kann nur sagen: Alle IE-Versionen vor Windows Mobile 2003 sind Schrott.
Also falls Du währen der Entwicklung/Anwendung mit älteren BS-Versionen probleme hast, so liegt das vermutlich an der dort verbauten IE-Version. Diese Version kann man selbst mit relativ einfachen JavaScript-Code zum aufhägen bekommen (Taskmanager läßt grüßen).