Das einfachste wird sein, einen Dienst zu erstellen.
Der Dienst wird beim Hochfahren vom Systemkonto gestartet, liest seine Konfiguration geschickterweise aus einer .ini - Datei in einem Verzeichnis, das nur für den Admin schreibrechte bereithält und gut ist.
Ein normaler User darf den Dienst-Prozess nicht abschiessen. Konfigurieren lässt sich der Dienst über die .ini.
Und dann gibt es immer noch die Option, einen Client für den Dienst zu schreiben, der z.B. über
TCP/
IP mit dem Dienst kommuniziert und so eine Oberfläche für den Dienst bereitstellt.
Ich denke, das ist die sauberste Variante.