Arbeitsverzeichnis
Wenn du die Exe "normal" über den Explorer startest, wird als Arbeitsverzeichnis automatisch das Verzeichnis der Exe gesetzt. Wenn du also nur einen Dateinamen ohne Pfadangabe nutzt, findet er die aus dem Autostart heraus nicht, da vermutlich ein anderes Arbeitsverzeichnis vorliegt. Am besten mit Application.ExeName und ExtractFilePath das Verzeichnis der Exe ermitteln.