Du solltest vielleicht versuchen, nicht den Quelltext sondern den Inhalt der Seite selbst zu vergleichen
Wie sieht das aus mit Frames, funktioniert der Vergleich da auch?
Achja, falls du es nicht verwendest, der Unterschied von zwei Strings (und Webseiten sind ja große Strings) lässt sich, wie bereits erwähnt, mit der Levenshtein Edit Distance sehr gut errechnen.