Oder du machst sofort eine 2. Exe die nur für die Updates zuständig ist.
System:
Hauptexe überprüft ob es eine neue Version gibt, wenn ja startet es die Update-Exe.
Diese beendet dann die Hauptexe (oder die macht es selber, ist egal), lädt die neue Hauptexe runter und überschreibt die alte.
Danach wir die Hauptexe wieder gestartet und die Update-Exe beendet.
Fertig
Flare