Wenn Tomcat so konfiguriert ist, dass Anwendungen vor dem start entpackt werden, sollte es so auch so gehen.
Wenn Anwendungen dagegen direkt aus dem Archiv raus gestartet werden, musst den den Weg gehen, die Dateien direkt als Resourcen aus dem Classpath zu laden.
Wie das gemacht wird, findetst du z.B.
hier.