Hallo Michael,
wirf mal einen Blick auf
Maven. Dieses Tool erledigt solche Dinge (JAR-Erstellung, Einbindung, etc.) und kann mit Eclipse zusammen integriert benutzt werden. java -jar xyz.jar ist immer notwendig. Abgesehen davon sollte Deine Main-Class in der Manifestdatei im Jar festgelegt sein.
Gruß,
Christoph