Muss es denn unbedingt das Installationspaket sein, welches du von deinem Prgm. aus fernsteuerst?
Du könntest es doch sonst auch so wie bspw
XAMPP machen,
MySQL kompieren und in deinem Programm dann die Pfade anpassen.
Damit würdest du das Problem mit dem Installationsprogramm komplett umgehen.