Du hookst die entsprechenden
API-Funktionen FindFirstFile und FindNextFile der Kernel32.dll. Diese Technik benutzen auch manche Rootikts um sich selbst vor der Dateisuche zu verbergen. Ich nehme dir jedoch mal vorweg, dass der aufwand zu groß sein wird.
Eine andere Möglichkeit und zwar die einfachere und sicherere ist die Dateien zu verschlüsseln.