Eigentlich gibts dafür Styleguides, will heissen das ist eigentlich wohldefiniert.
Konfigurationen sollten optimalerweise in
XML-Files liegen (zur Not tut auch eine Ini...).
Sachen, die nur(!) der Admin für alle User zu konfigurieren hat: \ProgramData
Sachen, die für alle User gelten (und ggf. auch von allen geändert werden dürfen): \Users\Public\{ggf. eigenes Verzeichnis}
Sachen, die Userspezifisch sind: \Users\User Name\Appdata