Ich würde dir eine *.bat-Datei empfehlen, die zuerst dein Programm schließt - die Files austauscht und dann dein Programm wieder startet. Bei Spybot S&D funktioniert das wunderbar (wenn ich mich nicht irre).
edit: Zu bat-Dateien gab es kürzlich einen Thread. Zum Umgang mit diesen, trotzdem hier ein Link:
wuppdi
edit2: fehlerkorrektur