Ich bin nicht so der Webfritze, also etwas Rücksicht für eventuellen Blödsinn büdde:
Normalerweise ist das Config-Modell von .Net so ausgelegt, dass man immer eine "zusammengeschobene" Ansicht auf alle Config-Daten bekommt.
Also, du siehst die Dinge der Machine.config, der Config von benutzten Assemblies und natürlich deiner eigenen, alle zusammen als eine Config.
Das sollte eigentlich auch für die Web.config in Unterordnern gelten.
Wenn du die Werte der übergeordneten .config nicht haben willst, kannst du in dem Element an den Anfang ein
<clear> einfügen.