Aus deiner Frage geht hervor, dass es sich um eine PHP-Anwendung handelt, die auf einem Server liegt, auf den du keinen Root-Zugriff hast. Ich vermute, bei dem Server handelt es sich um Webspace eines Anbieters X?
Falls ja, wirst du wohl nicht um eine Kommunikation über eine HTTP-Komponente (z.B. von
Indy) herumkommen. Und schwierig ist das auch nicht.
Imho einfacher als selber ein Protokoll zu entwickeln. Die PHP-Anwendung indes kann hingegen mit deinem Rechner kommunizieren wie sie will.
Was willst du denn machen?