Du müstest selbst eine Transaktionssystem (Logfile etc, ...) nachbauen das auch bei einem Stromausfall noch fähig ist die Daten nach Reeboot zu schreiben. Also m.E. steht das in keinem Verhältniss zum ändern der Tabelel auf InnoDB.
Auch hast du bei fehlender Transaktionsunterstützung auf
DB-Seite das Problem das während du die einzelnen Datensätze schreibst schon ein andere Programm diesen inkonsistenten Zustand auslesen kann. Und das könntest du nur verhindern wenn alle Lese/Schreiboperationen über dein Programm laufen.