Soweit ich mich entsinne braucht man dafür mindestens unter
WinNT einen Treiber, der dann auf die Festplatte wie auf eine riesige Datei zugreifen kann. Unter
Win9x brauchte man wohl auch einen Treiber für PortIO, aber da kenne ich mich nicht so genau aus.
Fazit: Echte Low-Level-Formatierung überläßt du am besten dem BIOS (oder SCSI-BIOS).