Wie wäre es mit der NTFS-Rechteverwaltung?
Zitat:
TrueCrypt ist ein freies Open-Source-Programm zur Verschlüsselung von Festplatten, Teilen davon oder Wechseldatenträgern
klingt als wenn man damit auch nur einzelne Verzeichnisse verschlüsseln kann.
Alternativ ein ganzes Laufwerk verschlüsseln und wenn nötig, dann kann man dieses Laufwerk bein NTFS als Verzeichnis einbinden.
http://de.wikipedia.org/wiki/TrueCrypt