Wenn grub oder lilo im MBR installiert ist, ist er anschließend nicht mehr verfügbar. Du müsstest dann Linux von CD/DVD booten und ihn neu installieren.
[edit] Nachtrag: Du kannst aber auch den Linux-Bootloader in die boot.ini aufnehmen (solange Du nicht Vista benutzt). Eine Anleitung dazu gibt es
hier. [/edit]