Das ist wohl am einfachsten:
http://de.gentoo-wiki.com/Screen_Tutorial
Damit kann man auch "Konsolen" öffnen, in denen du das Programm starten kannst, die auch offen bleiben, wenn man sich schon wieder ausgeloggt hat.
Sonst wären da noch
Dämonen, aber das ist eher kompliziert. Ein Dämon ist das was unter Windows ein Dienst ist. Dämonen haben aber keine Shell zur Verfügung.