Der Netzwerkverkehr lässt sich mit Leichtigkeit mitlesen, es gibt also keine sichere Lösung von der Form "nur mein Programm kennt das Passwort, der Benutzer aber nicht". Du musst erreichen, dass man ohne ein Passwort genau die nötigen Rechte hat, das Update herunterzuladen, aber nicht mehr.
Eine Möglichkeit wäre, statt
FTP HTTP zu verwenden und ein PHP-Script zu schreiben, welches ausschließlich die Update-Dateien herausgibt.