Wenn es euch nur drum geht, die Dateien schneller zu kopieren/abzugleichen, dann nutzt doch dementsprechende Tools.
Windows:
SyncToc
WinMerge
WinSCP
Linux:
RSync
Tools abhängig von eurer Umgebung.
Ich nutze meistens WinSCP mit
SSH/SFTP, da ich
FTP als Protokoll nicht mag.
WinMerge und SyncToc ist eher für NetBios Freigaben geeignet.
In der Linuxwelt nutze ich sonst nur RSync.
Ihr könntet auch eine Sourcecodeverwaltung nutzen.
Subversion z.b. ist sehr praktisch für sowas.
Vor allem habt immer immer alle Stände und alte Versionen von etwas.
Bei den o.g. Lösungen solltest du nicht ZIPen, da du sonst keinen Erfolg hast.