Du kannst die Delphi-Projektdateien (egal was drin ist) direkt mit der Compiler - Echse (dcc32.exe) aufrufen und so durchkompilieren.
Wichtig ist dabei jedoch, dass Du die Suchpfade der Projekte (und alle weiteren nötigen Compilerschalter) in der Projektname.cfg (oder dcc32.cfg) im gleichen Verzeichnis liegen. Das bedeutet für Dich, dass Du erstmal ne Weile nach den richtigen Einstellungen in der Datei nachforschst, aber prinzipiell ist das kein Problem.
Das setzen der Versionsinformationen würde ich in diesem Fall per 'manuell' kompilierter Resource machen.
Damit kannst Du ein kleines Tool laufen lassen, welches die Versionsinformationen in der .res - Datei setzt, diese dann in eine .dcr Kompiliert (brcc32.exe, der Resource-Compiler) und erst diese wird dann in das Projekt eingebunden.
Das hat den Nachteil, dass Du die Version nicht mehr in der
IDE setzen kannst, aber dafür ist das automatisiert.
Alternativ kannst Du auch externe Tools wie z.B. FinalBuilder einsetzen, die kosten dann aber was.