Ich kenn MSQL leider nicht, daher mal ein paar grundsätzliche Tipps: Bei einer Migration ist es meist sinnvoll die spezifischen Features einer Datenbank auszunutzen.
Eine 1:1 Kopie ist nicht unbedingt wünschenswert. Die Verwaltung der Indices und Constraints sollte wohl überdacht werden. Bei Sybase werden z.b. auch Trigger und SP's unterstützt. Gerade wenn die Quelldatenbank Autoincremnet Felder besitzt ist eine automatische Migration schwierig, da jeder Hersteller da seine eigenen Brötchen backt.
Ich hab bisher immer die Datenstrukturen über Central oder direkt mit ISQL erstellt und später nur die eigentlichen Daten überspielt. Dafür reicht zur Not auch
Access, vorrausgesetzt Du hast für alle Datenbanken
ODBC Treiber.
Modelling Tools wie z.b. ERWin erlauben zwar auch eine Migration, was dabei rauskommt ist meißt mehr als grausig.
Gruß,
Marcel