Das ist aber auch bissl schlampig.
Notfalls lasse ich die vorhandenen Dateien "manuell" über den Browser parsen (geht ja mit ein paar F5-Drücken) und lade die dann hoch. Wenn ich das Skript dann täglich ausführen lasse, sollte es nur jeweils eine Datei zu parsen haben und das geht innerhalb des Timeouts.
Es wäre halt schön gewesen, wenn ich die PHP-Datei ändere, einfach die geparsten Dateien löschen. Beim nächsten Durchlauf werden alle Dateien dann aktualisiert.
Grüße
Edit: Könnte ich theoretisch 2 identische Dateien anlegen, jedoch mit unterschiedlichem Redirect-Header? Und immer von der einen auf die andere weiterleiten lassen? 
Natürlich ginge das per Cronjob nicht, aber nur mal so als Spinnerei. Oder ist die maximale Redirect-Anzahl unabhängig von der aufgerufenen Datei?