Ich weis jetzt nicht ob ich das rtichtig verstanden habe ...
Du hast einen dreidimensionalen Raum und benötigst das array[x1, y1, z1, x2, y2, z2] um "Abstandsdaten" zwischen jedem Punktepaar zu speichern?
Wie kompliziert ist eigentlich die Berechnung der Werte? Wenn sie einfach ist, könnte man vll. auf das Array verzcihten
Du könntest ja mal versuchen, einen 1 Gigabyte großen Speicherblock zu reservieren - wenn das fehlschlägt ist das Array wahrscheinlich in mehrere Teile aufgeteilt und der Zugriff entsprechend langsamer (normalerweise geschieht der Zugriff in O(1) also in konstanter Zeit)