Je nachdem, was genau in der Registry steht (evtl. der Dateiname), kannst du dir dieses Thema näher ansehen und auch Luckies Links zu seinem Tool:
Windows Desktop Icons - Position auslesen/verändern.
Ob du die Koordinaten in Pixeln bekommst oder nur eine fortlaufende Nummer, die du dann umrechnen musst, kann ich dir nicht sagen.