füge mal ein clearstatcache(); davor ein
die Cache wird unter Linux nur "immer" gelöscht, wenn eine Datei gelöscht wird
beim Erstellen und Ändern ist dises nicht immer der Fall
oder du könntest auch einfach mal ein paar Tage warten?
bei mir war es vor 'ner Weile so, das einfach keine Dateien aufgelistet wurden
und nach 'ner Weile ging es urplötzlich wieder (ohne irgendeine Änderung)