Ungewöhnlich!
Mach vor dem Einchecken ein Diff, dann siehst du Prima was sich geändert hat.
Mach Diffs zwischen den Revs, dann siehst du wo der Code weg gekommen ist.
Erstelle die weitere Working Copies, damit du sieht ob das richtige abgerufen wird.
Mach denn z.B. mit WinMerge Diffs auf den Verzeichnissen.
Aber wie geschrieben - Ungewöhnlich
Mit
SVN kommt nichts weg.